Изначально была задумана вступительная миссия, происходящая после уничтожения Нормандии-SR1 и перед пробуждением Шепарда. Никаких спойлеров не следует, т.к. ничего из нижеперечисленного в игру так и не вошло и на дальнейший сюжет не влияет.
Вы начинали миссию, играя за Легиона, на корабле под названием Shadowthrone, куда Легион проник под видом "груза". Собственно, сам корабль принадлежит Shadow Broker'у, а на борту - тело Шепарда. Втихую пробираясь через корабль, через некоторое время вы начинаете слышать выстрелы и сообщения о проникновении на корабль кого-то еще. Этим "кем-то" оказывается Лиара, которой тоже нужен Шепард. Естественно, что сначала ваша встреча не сулит ничего хорошего, но в итоге Легион и Лиара договариваются действовать вместе на условии того, что Лиара заберет тело Шепарда. В течение миссии Легион спрашивает о решениях, принятых Шепардом в МЕ1. Фактически, давалась возможность выставить нужные решения.
После нескольких несложных перестрелок Легион и Лиара добирались до небольшого корабля Лиары. Но перед этим им нужно было снять с Шепарда его броню и поместить тело в удерживающее поле, чтобы оно не развалилось (...). По пути на корабль Лиары Легион ловил чей-то выстрел и деактивировался, оттуда и его фирменная дыра в груди. Камера переходила в вид от первого лица, и мы наблюдали, как Лиара закрывает шлюз и отстыковывается. На экране появлялась красная надпись -NO FEED- и экран темнел, после чего следовала сцена от первого лица, где Шепард просыпается раньше времени и видит Миранду. Затем игра следовала как обычно до Омеги.
По пути к Омеге мы ловили сигнал бедствия от неопознанного корабля. Миранда должна была опознать корабль как тот самый Shadowthrone, с которого украли тело Шепарда. Выяснялось, что корабль дрейфовал в космосе уже около двух лет. Зная, что агент , у которого Cerberus купил тело, оставил корабль полностью функциональным, Миранда предлагает исследовать корабль. На корабле вы выясняете, что Легион реактивировался и починил себя броней, снятой с Шепарда. Затем он уничтожил всю команду, но случайно причинил необратимый урон двигателям. Чтобы сохранить энергию на безжизненном корабле без питания, он ушел в режим гибернации. Вы находите Легиона и перед вами встает выбор, активировать ли его.
В итоге вся идея была отклонена как слишком запутанная для новичков, не игравших в МЕ1. Также было посчитано излишним то, что Легион сначала излагал свою уникальную историю Лиаре, а затем, менее чем через два геймплейных часа, рассказывал все то же самое Шепарду. Кроме того, бой за гета против людей на фоне МЕ1 посчитали перебором. В итоге заместо этого был дан зеленый свет комиксам, а Легион в них был заменен неким "другом Лиары".
Такие вещи, как куски брони Шепарда на Легионе и неиспользованные диалоги, были оставлены в игре (почти) без объяснения. В случае с броней диалог Легиона изменился с долгого рассказа о приключениях на Shadowthrone на релизный "No Data Available". Неиспользованные диалоги были оставлены в игре, т.к. Легион все равно не должен присутствовать в некоторых моментах и не сможет активировать нужный триггер. Другие диалоги, как, к примеру, долгий диалог Лиары и Легиона при появлении последнего на Иллиуме, уже не были озвучены. Однако многие вещи так или иначе все равно присутствуют в игре. К примеру, SR2 Cargo bay, который изначально был стартовой точкой Легиона в миссии. Миссия "The Crashing Ship" - практически полное использование наработок по Shadowthrone, включая двигательный отсек, где вы должны были найти Легиона, а сейчас просто активируете двигатели.
